하코다테시는 오지마반도의 남동부에 위치하고, 동쪽, 남쪽, 북쪽의 세방면을 태평양, 쯔가루 해협에 둘러싸여져, 서쪽은 가미이소마을, 나나에마을, 시카베마을와도 접하고있습니다.
개척 당시 하코다테항은 그 형태로부터 「뒤범벅항」이라고 일컬어져, 양항에 혜택을 받은 거리는 홋카이도의 정식 현관에 위치하고, 홋카이도가 아직 「에조치」라고 부르고 있었을 때부터 각지와의 무역이 왕성했습니다.

이름의 유래는, 스스무 도쿠3년(1454년) 쯔가루 일족의 고우노 세이도오루가 「우스케시」 (아이누어로 만의 가장자리이라고 하는 의미)과 부르고 있었던 어촌에 관을 만들고, 그것이 상자를 닮아 있었던 것에서 「하코칸」이 되었고, 메이지2년(1869년) 에조가 「홋카이도」에 이름을 바꾸고, 그 때 「하코다테」라고 다시 고쳤습니다. 그리고, 2004년12월1일에는 하코다테시에 인접하는 도이마을·에산마을·도도홋케무라· 미나미카야베마을의 오지마 동부 4읍촌과의 합병이 실현되어 삿포로시·아사히카와 시에 뒤잇는 도내 3번째의 규모인 인구 약30만명의 새하코다테시가 시작되었습니다.